Agrobiologia e UFPR promovem curso na área de genômica

(15/04/2011)

A Embrapa Agrobiologia promoveu, de 10 a 12 de abril, o curso "Anotação de genomas de procariotos com o sistema integrado GAAT (Genome Assembly and Annotation Tool)" para estudantes de graduação e pós-graduação. O curso, em parceria com a UFPR (Universidade Federal do Paraná), foi ministrado por pesquisadores que atuam na área de Genética e Bioquímica da Embrapa Agrobiologia e por professores da Universidade que atuam no programa de pós-graduação em Ciências-Bioquímica e da área de Ciências da Computação. De acordo com os coordenadores do curso, este tipo de capacitação em bioinformática é cada vez mais necessário para a obtenção de informações relevantes a partir dos diversos bancos de dados com anotações biológicas já disponíveis.

Atualmente há disponível 1501 genomas de bactéria em banco de dados. No entanto, o sequenciamento de um genoma é apenas a primeira etapa dos estudos necessários para a definição do estilo de vida do microrganismo, estrutura e organização de seus genes e sua filogenia. Dado o grande número de genomas de microrganismos disponíveis torna-se imprescindível a utilização de um sistema integrado para a anotação. Abordagens computacionais como o GAAT (Genome Assembly and Annotation Tool) permitem a atribuição de nome a cada gene, definição de suas característica funcionais, bem como a sua participação em vias metabólicas.

Durante o curso, além de uma discussão dos aspectos teóricos relacionados com a anotação, foi feita a instalação e utilização de todos os aplicativos necessários para utilização do GATT. Os participantes puderam ver, por exemplo, como é feita a criação, configuração e utilização de bancos de dados; configuração e gerenciamento de usuários; importação de dados; anotação automática e manual; exportação de dados e integração com outros programas de anotação.

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