Como uma Unidade Descentralizada de pesquisa de temas básicos, o Centro Nacional de Pesquisa de Agrobiologia, cujo nome-síntese é Embrapa Agrobiologia, tem por missão desenvolver pesquisas para o avanço do conhecimento em diferentes áreas. Os principais focos de  suas pesquisas são a Fixação Biológica de Nitrogênio (FBN) e  a Agricultura Orgânica. Neste sentido,  empreende esforços para continuar sendo reconhecida no Brasil e no exterior pela  excelência de sua produção técnico-científica e pelas  tecnologias geradas nesses temas.